MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2c chromosome

Total Repeats: 2621

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015744	TCTT	2	8	109	116	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_015744	GAA	2	6	138	143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015744	AG	3	6	146	151	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015744	AG	3	6	200	205	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015744	TAA	2	6	257	262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015744	A	6	6	261	266	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015744	ACA	2	6	298	303	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_015744	TTGT	2	8	304	311	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015744	A	7	7	329	335	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015744	TCA	2	6	355	360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_015744	ATA	2	6	412	417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015744	ATG	2	6	430	435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015744	CATG	2	8	467	474	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_015744	TTG	2	6	493	498	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015744	ATG	2	6	510	515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015744	TC	3	6	578	583	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_015744	TTC	2	6	635	640	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_015744	AAG	2	6	694	699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015744	GAA	3	9	723	731	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015744	TGA	2	6	745	750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015744	GA	3	6	791	796	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015744	GGT	2	6	812	817	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015744	GCT	2	6	855	860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_015744	GGT	2	6	871	876	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015744	AAAG	2	8	882	889	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015744	TAA	2	6	892	897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015744	TTA	2	6	906	911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015744	AG	3	6	919	924	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015744	GCTA	2	8	974	981	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_015744	GA	3	6	999	1004	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015744	GAA	2	6	1015	1020	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015744	GCA	2	6	1027	1032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_015744	TAA	3	9	2919	2927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015744	T	6	6	2939	2944	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015744	T	6	6	2962	2967	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015744	CAA	2	6	5195	5200	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015744	TTG	2	6	5206	5211	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015744	GAA	2	6	5242	5247	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015744	ACA	2	6	5277	5282	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_015744	A	7	7	5300	5306	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015744	AGC	2	6	5314	5319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015744	AG	3	6	5330	5335	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015744	TTCA	2	8	13641	13648	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_015744	TAT	2	6	13667	13672	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015744	T	6	6	13756	13761	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015744	TGA	2	6	16295	16300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015744	AG	3	6	16349	16354	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015744	GCAG	2	8	16434	16441	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_015744	TTC	2	6	16521	16526	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_015744	CGG	2	6	16540	16545	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_015744	GAA	2	6	16629	16634	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015744	GC	3	6	16665	16670	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_015744	TTC	2	6	16671	16676	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_015744	GAAGA	2	10	16686	16695	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015744	TCA	2	6	16706	16711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_015744	GAAA	2	8	16837	16844	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015744	TTC	2	6	16850	16855	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015744	TGC	2	6	16864	16869	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_015744	GAA	2	6	16896	16901	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015744	T	6	6	16908	16913	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015744	A	6	6	16914	16919	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015744	T	11	11	17009	17019	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015744	A	8	8	17020	17027	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015744	GA	3	6	17038	17043	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015744	CGA	2	6	20835	20840	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015744	GATAC	2	10	20843	20852	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015744	A	6	6	20907	20912	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015744	A	6	6	20956	20961	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015744	TAAT	3	12	20971	20982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015744	T	6	6	21008	21013	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015744	CTCC	2	8	24843	24850	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
72	NC_015744	TCTGCA	2	12	24856	24867	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015744	T	8	8	24871	24878	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015744	A	6	6	24880	24885	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015744	CGAG	2	8	26407	26414	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_015744	ATGA	2	8	29770	29777	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015744	AGAA	2	8	29782	29789	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015744	T	7	7	30009	30015	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015744	TAT	2	6	30023	30028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015744	T	6	6	32117	32122	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015744	TCT	2	6	32160	32165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_015744	T	6	6	32243	32248	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015744	CGG	2	6	32294	32299	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_015744	AGA	2	6	32331	32336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015744	CTT	2	6	32493	32498	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_015744	TC	3	6	32521	32526	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_015744	CTT	2	6	32897	32902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_015744	GAA	2	6	32919	32924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015744	TAA	2	6	32942	32947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015744	GAA	2	6	32951	32956	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015744	AGG	2	6	33275	33280	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015744	T	6	6	34295	34300	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015744	AAG	2	6	34305	34310	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015744	TATTTT	2	12	34333	34344	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015744	A	6	6	34361	34366	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015744	GC	3	6	34672	34677	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
97	NC_015744	TCT	2	6	34698	34703	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_015744	GT	3	6	38073	38078	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015744	CT	3	6	38144	38149	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_015744	AAT	2	6	38157	38162	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015744	GTA	2	6	38170	38175	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015744	TCT	2	6	38186	38191	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015744	T	6	6	38254	38259	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015744	T	6	6	38295	38300	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015744	AG	3	6	38316	38321	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015744	GA	3	6	38371	38376	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015744	ATG	2	6	38409	38414	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015744	AGA	2	6	38435	38440	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015744	GT	3	6	39471	39476	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015744	AGAAT	2	10	39497	39506	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015744	ATTT	2	8	39629	39636	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015744	ATG	2	6	39698	39703	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015744	AGGGG	2	10	39728	39737	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015744	AG	3	6	39770	39775	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015744	ATAC	2	8	39802	39809	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_015744	GCT	2	6	39874	39879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_015744	AGGG	2	8	40112	40119	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015744	TTTA	2	8	43073	43080	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015744	TTC	2	6	43082	43087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_015744	AG	3	6	43370	43375	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015744	TAT	2	6	44872	44877	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015744	TAG	2	6	46134	46139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015744	AG	3	6	48652	48657	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015744	TTGC	2	8	48685	48692	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_015744	G	6	6	53076	53081	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015744	GTC	2	6	53186	53191	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_015744	AGG	2	6	53288	53293	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015744	A	7	7	54948	54954	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015744	AGGA	2	8	54958	54965	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015744	TGA	2	6	54974	54979	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015744	AGAA	2	8	54998	55005	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015744	T	7	7	55200	55206	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015744	ATTT	2	8	55233	55240	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015744	GA	3	6	58289	58294	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015744	A	6	6	58330	58335	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015744	GC	3	6	58402	58407	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
137	NC_015744	TCT	2	6	58452	58457	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_015744	TTG	2	6	58477	58482	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015744	AG	3	6	58486	58491	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015744	AGG	2	6	58494	58499	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015744	A	8	8	58530	58537	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015744	CCGA	2	8	58544	58551	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_015744	TTA	2	6	58578	58583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015744	TTA	2	6	58587	58592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015744	CT	3	6	59846	59851	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_015744	GGC	2	6	59873	59878	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_015744	AGC	2	6	59951	59956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_015744	GAA	2	6	60045	60050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_015744	CCT	2	6	60062	60067	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_015744	AG	3	6	60084	60089	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_015744	A	7	7	60135	60141	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_015744	TTG	2	6	60186	60191	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_015744	GTT	2	6	60240	60245	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_015744	AAAAG	2	10	60303	60312	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_015744	TCCTT	2	10	64885	64894	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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161	NC_015744	TCTT	2	8	64930	64937	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
162	NC_015744	T	8	8	64936	64943	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_015744	A	7	7	64958	64964	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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167	NC_015744	TGA	2	6	65064	65069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_015744	AG	3	6	69709	69714	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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173	NC_015744	A	6	6	72514	72519	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_015744	AT	5	10	72550	72559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_015744	AAG	2	6	76117	76122	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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279	NC_015744	TAA	2	6	133872	133877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
280	NC_015744	TA	3	6	133885	133890	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
281	NC_015744	GGC	2	6	133929	133934	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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283	NC_015744	TGG	2	6	134153	134158	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
284	NC_015744	GA	3	6	134197	134202	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
285	NC_015744	GCC	2	6	134206	134211	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
286	NC_015744	CGC	2	6	134298	134303	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
287	NC_015744	GT	3	6	134304	134309	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
288	NC_015744	AGA	2	6	134354	134359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
289	NC_015744	AAG	2	6	134395	134400	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
290	NC_015744	CAG	2	6	134419	134424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
291	NC_015744	AGTT	2	8	134496	134503	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
292	NC_015744	GAA	2	6	134611	134616	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
293	NC_015744	GCC	2	6	134779	134784	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
294	NC_015744	GAG	2	6	134786	134791	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
295	NC_015744	TGC	2	6	134949	134954	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
296	NC_015744	GTC	2	6	134961	134966	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
297	NC_015744	AGG	2	6	135073	135078	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
298	NC_015744	AC	3	6	135125	135130	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
299	NC_015744	AC	3	6	135294	135299	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
300	NC_015744	CAT	2	6	135309	135314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
301	NC_015744	GA	3	6	135357	135362	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
302	NC_015744	TGA	2	6	135380	135385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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311	NC_015744	TGG	2	6	135714	135719	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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358	NC_015744	TTC	2	6	138962	138967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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396	NC_015744	GAAG	2	8	155772	155779	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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412	NC_015744	TGC	2	6	156993	156998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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416	NC_015744	AC	3	6	157337	157342	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
417	NC_015744	CAT	2	6	157352	157357	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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423	NC_015744	TGT	2	6	157572	157577	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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426	NC_015744	ATA	3	9	157668	157676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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429	NC_015744	GAA	2	6	157783	157788	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
430	NC_015744	GCG	2	6	157980	157985	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
431	NC_015744	GATG	2	8	158081	158088	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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433	NC_015744	GACC	2	8	158126	158133	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
434	NC_015744	ATG	2	6	158356	158361	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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443	NC_015744	GTA	2	6	158979	158984	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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456	NC_015744	ATT	2	6	159984	159989	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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468	NC_015744	AGA	2	6	160736	160741	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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474	NC_015744	TC	3	6	160999	161004	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
475	NC_015744	TTC	2	6	161005	161010	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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